Üniversitemizin kuruluş çalışmalarına merhum Kadir Has’ın öncülüğünde, Kadir Has Vakfı (HASVAK) tarafından 1992’de başlandı. Resmi kuruluşumuz 28.05.1997 tarih ve 4263 sayılı yasayla gerçekleştirildi.

Selimpaşa Kampüsü’nün inşası 1998’de, Merkez Kampüs’ün önemli bir kısmını oluşturan Haliç kıyısındaki tarihi Tekel Cibali Sigara Fabrikası’nın restorasyonu ise 1999’da başladı. 2000-2001 döneminde Bahçelievler Kampüsü’nü kullanıma alan Üniversite, 2001-2002 öğretim yılından itibaren faaliyetlerini Cibali, Selimpaşa ve Bahçelievler kampüslerinin tümüne yaydı. 2007 yılı sonunda Cibali Kampüsü’nü büyütecek modern D Blok yapıldı. Spor Salonu ve ilişkili tesisler 2008 yılında Fatih Belediyesi işbirliğinde gerçekleştirildi. Cibali Kampüsü’nün adı 28 Mart 2007 tarihinde Kadir Has Kampüsü olarak değiştirildi.

Üniversitemizin kurucu rektörü Prof. Dr. Ergür Tütüncüoğlu görevini 2002’de Prof. Dr. Yücel Yılmaz’a; o da Şubat 2010’da üçüncü rektörümüz Prof. Dr. Mustafa Aydın’a devretti. 2018 yılının Mart ayında ise dördüncü rektörümüz Prof. Dr. Sondan Durukanoğlu Feyiz, görevi Prof. Dr. Mustafa Aydın’dan devraldı.