Hakkari Üniversitesi 22.05.2008 tarih ve 5765 Sayılı  Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunun 99’uncu maddesi ile kurulmuş ve Hakkari Üniversitesi tüzel kişiliğine kavuşmuştur.
 
Hakkari Üniversitesi;
 
a) İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Yüzüncü Yıl Üniversitesi Rektörlüğünden devredilen Eğitim Fakültesi ile 03.07.2011 tarih ve 27983 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2018 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile İlahiyat Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi ve 20.08.2011 tarih ve 28031 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 2011/2088 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Yabancı Diller Yüksekokulu, 27/03/2020 tarih ve 2319 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi ile Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.
 
b) Yüzüncü Yıl Üniversitesi’nden devredilen Çölemerik Meslek Yüksekokulu, Yüksekova Meslek Yüksekokulu ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu faaliyetine devam etmektedir.
 
c) Rektörlüğe bağlı Lisansüstü Eğitim Enstitüsü ve Sürekli Eğitim Merkezi Müdürlüğü kurulmuştur.
 
Ayrıca 2011 yılında Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü kurulmuştur.