Lisans düzeyinde toplam 6 fakülte bünyesinde 31 bölümde ve Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu bünyesinde 14 programda eğitim-öğretime devam edilmektedir. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü’nde ise 9 yüksek lisans, 2 doktora programı bulunmaktadır.  

Kurulduğu tarihten itibaren öğretim elemanı kadrosunu güçlendiren, İngilizce ön lisans ve lisans program sayısını arttıran, yabancı diller bölümünü yapılandırarak öğrencilerine hazırlık ve sonrası öğrenim yıllarında güçlü dil öğrenimi fırsatı sunan Fenerbahçe Üniversitesi süreli yayımlanan Sağlık, Sosyal, Spor Bilimleri ile Mimarlık ve Mühendislik alanlarındaki uluslararası bilimsel dergileri ile bilimsel çalışmalara yön vermektedir.

YÖK UYGAR kapsamında kurulmuş olan Afrika Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Avrupa Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, İnovasyon, Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi, Siber Alan Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Spor Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi, Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi ve Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi ile Fenerbahçe Üniversitesi bünyesinde uygulama ve araştırma faaliyetleri sürdürülmektedir. Bu sekiz merkez sayesinde uluslararası iş birlikleri, proje çalışmaları ve değişim programları etkin olmaya başlamıştır. Ayrıca Üniversite Erasmus+ değişim programına kabul edilmiş, ikili anlaşmalar yapılmaya başlanmıştır.

Fenerbahçe Üniversitesi dünya dillerine hâkim, inovatif ve yaratıcı düşünceye açık, bilimsel gelişime odaklanmış, sosyal ve akademik gelişimini tamamlamış bireyler yetiştirmek ve dünyanın önde gelen üniversiteleri arasında yer almak hedefini benimsemiştir.

Uluslararasılaşma hedefiyle hareket eden Fenerbahçe Üniversitesi, uluslararası öğrencilere eğitim-öğretim fırsatı sunarken, çok kültürlülüğü ve çeşitliliği benimseyen bir öğrenme ortamı yaratarak uluslararası alanda saygın bir üniversite olma yolunda kararlılıkla yürümektedir. Bu bağlamda yabancı öğrenci ve öğretim elemanı sayısı her geçen gün artmaktadır.